Ajankohtaista

Keskisuomalaisesta järvestä löytyi ainutlaatuinen virustyyppi

Muutama vuosi sitten Jyväskylän yliopistossa bio- ja ympäristötieteen laitoksen laboratoriokurssilla Jyväsjärvestä eristetty bakteereita infektoiva eli tuhoava virus paljastui rakenteeltaan ja perimältään ainutlaatuiseksi. Jyväskylän, Helsingin ja Oxfordin yliopistojen yhteistutkimus osoitti, että tämä flavobakteereita infektoiva virus, FLiP, on ensimmäinen tunnettu virus, jolla on ikosahedraalisesti symmetrisen proteiinikuoren alla rasvakalvorakenne ja yksijuosteinen DNA-perimä.

FLiP-viruksen ainutlaatuisuus olisi kuitenkin voinut jäädä havaitsematta ilman atomitasolle ulottuvaa rakennetutkimusta. Vaikka viruksen genomille ei löydy merkittävää samankaltaisuutta tietokannoista, kuoriproteiinin laskos liittää sen isompaan virusryhmään (ns. PRD1-adenoviruslinjaan), johon kuuluu muun muassa bakteeri-, ihmis- ja leväviruksia. FLiP on ensimmäinen tähän ryhmään liitetty virus, jonka perimänä on yksijuosteista DNA:ta.

Rakenteellinen samankaltaisuus viittaa kyseisten yksi- ja kaksijuosteisten DNA-virusten sukulaisuuteen, jota ei pystytty havaitsemaan sekvenssivertailuilla. Havainto haastaa perinteiset virusten luokittelusysteemit, jotka perustuvat lähes yksinomaan perimän vertailuihin. Löytö osoittaa, että virusmaailman syvempään ymmärtämiseen tarvitaan uusien virusyksilöiden eristämistä ja analysointia laboratorio-olosuhteissa sekä virusrakenteiden proteiinitason tutkimusta.

Virukset ovat maailman yleisimpiä biologisia yksikköjä. Niitä löytyy kaikkialta, missä on elämää. Vaikka bakteereita infektoivat virukset eli faagit ovat erittäin yleisiä, tutkimus osoittaa, että uusien virustyyppien löytäminen on edelleen mahdollista ja virusmaailma on tunnettua monimuotoisempi.

Tutkimus julkaistiin arvostetussa Proceedings of National Academy of Sciences of the United States of America (PNAS)-sarjassa.

Lisätietoja:

Akatemiatutkija Lotta-Riina Sundberg, puh. 040 805 3931, lotta-riina.sundberg@jyu.fi

Artikkeli:

Laanto, E., Mäntynen, S., De Colibus, L., Marjakangas, J., Gillum, A., Stuart, D.I., Ravantti, J.J., Huiskonen, J.T., ja Sundberg, L.-R., 2017. Virus found from a boreal lake links ssDNA and dsDNA viruses. Proceedings of National Academy of Sciences of the United States of America. Doi: 10.1073/pnas.1703834114

kuuluu seuraaviin kategorioihin: ,