Ajankohtaista

Väitös: 6.4.2018 Tietokonesimulaatio havainnollistaa liikkeen soluissamme (Aho)

Alkamisaika: perjantai 06. huhtikuuta 2018, 12.00

Päättymisaika: perjantai 06. huhtikuuta 2018, 15.00

Paikka: Ylistönrinne, FYS1

Kuva_tiedotteesseen_Vesa_Aho_uusi.jpg
Kuvaaja: Vesa Aho
FM Vesa Ahon fysiikan väitöskirjan "Modeling of intracellular transport in realistic cell geometries" tarkastustilaisuus. Vastaväittäjänä professori Matthias Weiss (University of Bayreuth, Saksa) ja kustoksena dosentti Maija Vihinen-Ranta (Jyväskylän yliopisto). Väitöstilaisuus on englanninkielinen.

Moni asia ihmisen terveydessä ja sairauksien hoidossa on riippuvainen siitä, miten biomolekyylit liikkuvat solujemme sisällä. Vesa Aho tutki ja kehitti väitöskirjassaan uusia tapoja mallintaa tätä biomolekyylien kulkeutumista solun sisällä.

Solujen toiminta on riippuvainen biomolekyylien kuljetuksesta solun eri osien välillä. Häiriintyneen molekyylien kulkeutumisen on esitetty olevan osasyyllinen esimerkiksi Alzheimerin tautiin ja dementiaan. Toisaalta solunsisäisten kuljetusilmiöiden ymmärtäminen on tärkeää myös lääkeaineiden ja syöpähoitojen tutkimuksessa.

- Solut ovat todella monimutkaisia kokonaisuuksia, minkä vuoksi molekyylien kulkeutumista kuvaavia yhtälöitä ei voida ratkaista suoraan analyyttisillä menetelmillä tekemättä paljon yksinkertaistavia oletuksia. Tietokonesimulaatioissa voidaan soluympäristö ottaa tarkemmin huomioon, Aho kertoo.

Mikroskopia paljastaa solun rakenteen

Tutkimuksessaan Aho hyödynsi mikroskopiamenetelmiä, joiden kehityksessä on biotieteissä tehty suuria harppauksia. Näillä menetelmillä saadaan tarkkaa tietoa solun rakenteesta.

- Käyttämiäni mikroskopiamenetelmiä hyödyntäen voidaan kuvata kolmiulotteinen rakenne soluista ja rakentaa simulaatioympäristö, joka vastaa mahdollisimman tarkasti oikeaa soluympäristöä, Aho toteaa.

Tutkimus antaa uusia menetelmiä saada entistä tarkempaa tietoa molekyylien kulkeutumisesta solujen sisällä ja lisää tietämystä virusten liikkeestä solun tumassa

Sovelluksena Aho kehitti uuden menetelmän mitata solun ydintä, tumaa, ympäröivän tumakalvon läpäisevyyttä. Ahon kehittämä menetelmä eroaa aiemmista siinä, että se ottaa tarkemmin huomioon soluympäristön, jossa molekyylien kulkeutuminen tapahtuu. Menetelmä perustuu kokeellisesti mitatun ja tietokoneella simuloidun kulkeutumisdatan yhdistämiseen.

Lisätietoja

Vesa Aho, puh. +358408053938, vesa.p.aho@jyu.fi

Viestintäpäällikkö Liisa Harjula, puh. 040 805 4403, viestinta@jyu.fi

Väitöskirja on julkaistu sarjassa Department of Physics, University of Jyväskylä, Report numerona 4, ISSN 0075-465X, ISBN 978-951-39-7385-8.

Linkki väitöskirjaan: http://urn.fi/URN:ISBN:978-951-39-7385-8

 ABSTRACT

The transport of molecules inside cells is a complex process, the characterization of which is important to gain full understanding of cellular processes. Understanding of intracellular transport is also important for medical applications, for example when analyzing transport of medicine inside cells. The intracellular environment is very complex, and at least the most crucial parts of this complexity must be accounted for to solve transport problems in cells. In this thesis the results of studies in modeling intracellular transport are presented. The aim of the work was to model intracellular transport of proteins and viral capsids in realistic cell environments. To this end, microscopic methods were used to image cellular structures, which were then digitally reconstructed and used as an environment for modeling particle transport in numerical simulations.

FM Vesa Ahon fysiikan väitöskirjan "Modeling of intracellular transport in realistic cell geometries" tarkastustilaisuus. Vastaväittäjänä professori Matthias Weiss (University of Bayreuth, Saksa) ja kustoksena dosentti Maija Vihinen-Ranta (Jyväskylän yliopisto). Väitöstilaisuus on englanninkielinen.

Lisätietoja

Vesa Aho
vesa.p.aho@jyu.fi
+358408053938
kuuluu seuraaviin kategorioihin: