13.11.2018

Analyysit

EsmiRs-projektissa käytettävät analyysit

Biokemialliset analyysit veri- ja kudosnäytteistäLiikunta_verikoe_003_mini_b.jpg

Tutkimuksessa selvitetään verinäytteestä esimerkiksi veren valkosolujen osuutta, kolesterolipitoisuuksia ja hormonipitoisuuksia sekä solujen väliseen viestintään erikoistuneiden molekyylien esiintymistä. Lihasnäytteistä tutkitaan hormonipitoisuuksia sekä tiettyjen solunsisäisten viestintäreittien voimakkuutta.

mikro-RNA -tason tutkimukset

Mikro-RNA:t eli miRNA:t ovat lyhyitä RNA-molekyylejä, joiden avulla solut muokkaavat geenien sisältämien viestien luentaa proteiinitasolle. Tietty miRNA voi estää  yhden tai useamman geenituotteen lukemisen. miRNA voi muuttaa sen solun toimintaa, jossa se on tuotettu, tai solut voivat vapauttaa miRNA-molekyylejä verenkiertoon. Silloin ne toimivat viestinviejinä eri kudosten välillä ja niiden määrää ja laatua voidaan tulkita esimerkiksi tietyn sairauden yhteydessä.

Sekvensointi (Next generation sequencing, NGS)

Projektissa hyödynnetään uuden sukupolven sekvensointitekniikkaa eli NGS:ää miRNA-viestien tulkinnassa. Tekniikka tuottaa tarkkaa tietoa molekyylien sekvenssistä eli emäsjärjestyksestä luotettavasti ja nopeasti. NGS toteutetaan yhteistyössä Keski-Suomen keskussairaalan molekyylipatologian laboratorion kanssa.

Liikunta_solulabra_033_mini_b.jpgSolumallit

Lihasbiopsioista eristettyjen lihassolujen avulla tutkitaan mm. ulkoisen estradiolin vaikutusta solujen sisäiseen hormonituotantoon kontrolloidussa ympäristössä ilman elimistön tai siihen vaikuttavan  ympäristön vaikutusta.

 

Histokemialliset värjäykset ja mikroskopia

Projektissa kerätyistä lihasnäytteistä etsitään esimerkiksi lihaksen kantasoluja ja solujen sisältämiä rasvapartikkeleita sekä määritetään lihassolujen kokoa. Kohteet saadaan näkyville fluoresoivien merkkiaineiden avulla, jonka jälkeen ne kuvannetaan konfokaalimikroskoopin avulla analysoitaviksi. Kuvien tulkinnassa käytetään tietokoneohjelmia, jotka mittaavat  fluoresenssin määrää ihmissilmää tarkemmin.

Proteiinitason mittaukset

Näytteiden sisältämien proteiinien määrää mitataan perinteisellä Western blot -menetelmällä, joka erottelee proteiinit koon mukaan. Käyttämällä proteiinit tunnistavia vasta-aineita voidaan nLiikunta_solulabra_004_mini.jpgiiden määrä selvittää ja verrata mahdollisia muutoksia tutkimuksen eri vaiheissa.

Kvantitatiivinen PCR

Polymeraasiketjureaktion eli PCR:n avulla voidaan selvittää geenien luentaa eli mitata solun tuottamien RNA-molekyylien määrä ja niiden laatu. Reaktion avulla saadaan selville esimerkiksi kiinnostuksen kohteena olevan geenin aktiivisuus tai miRNA-molekyylin määrä.