Kuntoutukseen liittyvää tutkimusta tehdään lääketieteellisessä tiedekunnassa, erityisesti psykologian ja logopedian osastolla. HUS:n kanssa yhteistyössä Lääketieteellisessä tiedekunnassa tutkitaan mm. synkronoidun sähkö- ja magneettistimulaation vaikutusta selkäydinvammapotilaiden kuntoutumiseen.
Logopediassa tutkitaan laaja-alaisesti erilaisten puheen, kielen, äänen, kommunikaation, syömis- ja nielemishäiriöiden ilmenemismuotoja, arviointia ja kuntoutusinterventioita ja hankkeita on 16. Suomen Akatemian hankkeita ovat mm. Varhainen kielenkehitys –tutkimusryhmä, jossa tutkitaan kielenkehityksen piirteitä lapsuusvuosien aikana sekä Vuorovaikutus ja interventiot –tutkimusryhmä, jossa tutkitaan kommunikoinnin häiriöiden vaikutuksia ihmisten välisten vuorovaikutustilanteiden sujumiseen sekä selvitetään puheterapiavuorovaikutuksen luonnetta ja logopedisten interventioiden vaikuttavuutta.
Psykologiassa tutkimusaiheita ovat muun muassa aivojen kehitys ja plastisuus, käyttäytymisen, mielenterveyden sekä kognitiivisen toimintakyvyn eri näkökulmat ja moniammatilliset kuntoutusmenetelmät. Esimerkiksi “Musiikki, ikääntyminen ja kuntoutus” -ryhmässä tehdään laajaa tutkimusta musiikin ja puheen vaikutuksista auditiivisten, kognitiivisten, motoristen ja emotionaalisten toimintojen kuntoutumiseen neurologisissa sairauksissa sekä niiden säilymiseen normaalissa ikääntymisessä. Samaa tutkimuslinjaa jatkaa Suomen Akatemian huippuyksiköistä Musiikin, mielen, kehon ja aivojen tutkimuksen huippuyksikkö. PsyTEAM -ryhmä tutkii psykoterapioita, psykososiaalisia hoitoja, mielenterveyttä sekä psykopatologian epidemiologiaa ja etiologiaa.
Kuntoutukseen liittyvää koulutusta tarjoaa monitieteinen terveydenhuollon kehittämisen maisteriohjelma, joka toteutetaan Helsingin yliopiston lääketieteellisessä tiedekunnassa. Kuntoutukseen liittyviä opintojaksoja on runsaasti logopedian ja psykologian kandi- maisteriohjelmissa, neuropsykologian erikoispsykologikoulutuksessa ja kliinisen mielenterveyspsykologian erikoispsykologikoulutuksessa. Lääketieteellisessä tiedekunnassa, yhteistyössä yliopiston ulkopuolisten asiantuntijaorganisaatioiden kanssa, järjestetään myös psykoterapeuttikoulutusta, joka on terveydenhuollon ammattihenkilöstön jatkokoulutukseen verrattavaa täydennyskoulutusta. Lisäksi esimerkiksi sosiaalitieteiden, kasvatustieteiden, neurotieteen sekä kaupunkitutkimuksen ja suunnittelun maisteriohjelmissa on kuntoutuksen eri osa-alueisiin liittyvää koulutusta.